Если честно, ни разу не смотрел на таблицы совместимости MB и линукса, намного важнее аналогичное с процессором, сетевой картой etc. И, что характерно, ни разу не бывало, чтобы Супермикра не работала, на то она и серверная же.
Не представляю, какое отношение линукс имеет к _сетевым инженерам_. Да, есть сетевые железки на нём, но это далеко не первое, что приходит на ум. Обычно, всё-таки, начинают с дефолтного - циски, джунипер и далее по списку.
Детально - в любом гайде по настройке маршрутизации для VPN. Иначе это не вопрос, а задание.
В целом - делаете отдельные маршруты для интересующих адресов не через VPN. Поскольку они распространяются на более мелкие подсети, у них будет приоритет перед шлюзом по умолчанию или как там у вас трафик заруливается в туннель.
Удаление файла и соответствующего дескриптора - две отдельные операции. Если fd ещё активен (например, какой-то процесс использует), то даже при удалённом файле можно потрогать его внутренности, в том числе посчитать их хэш.
Вангую какую-то бяку с файловыми дескрипторами. Что-нибудь вроде "активный лог переименовывается и только потом создаётся новый, поэтому процесс отправки как слал в тот fd, так и шлёт".