Кавычек какое-то дикое количество. Вполне вероятно, что из-за них. Попробуйте засунуть запрос в файл и вызывать его в скрипте как-то так:
mysql %options% < sql_file
Второй подозреваемый - переменные окружения и, соответственно, отсутствие абсолютных путей к файлам.
Вообще - когда руками из консоли скрипт вызывается, что происходит? Ошибки есть?