Создайте отдельного пользователя без админских прав - и запускайте ваши бинари из-под него. Если там внутри не 0-day уязвимость с повышением привелегий - этого будет достаточно, чтобы не огрести непоправимых последствий.
1. Полностью ОС не бэкапим (разве что у вас виртуалка с возможностью снятия снапшота).
2. Смотрим, какие данные требуют бэкапа (конфиги сервисов, БД, файлы), сохраняем.
Если вы думаете, что где-то процесс установки "значительно проще" - то вы ошибаетесь. Во всех случаях нужно понимать, что делаешь и какие изменения внести в настройки сети.
Раз вы пришли к мнению, что стандартные шаблоны для вас слишком подробны - наверное, и конкретные ненужные метрики сможете определить. В противном случае - не морочьте голову и оставьте как есть.