Если периодичность постоянная - возможно, какой-то скрипт в планировщике или мониторинг. Но поскольку у вас упомянута б-гомерзкая панель - разумеется, первый подозреваемый - именно её потроха.
Добавлять новый конфиг можно в любой файл, или даже создать для него новый (в рамках каталогов, читаемых апачем, разумеется).
Конфиг для поддомена ничем принципиально не отличается от конфига родительского домена (да и вообще любого) - просто обслуживаемое имя у него будет другое.
Линукс с графическим интерфейсом, особенно на ноутах - это ещё та лотерея... Да, вполне возможно, что сочетание более нового дистрибутива с вашим железом даёт такие вот побочные эффекты.
Не самое подходящее железо для подобного ПО. Есть какие-то серьёзные причины не развернуть это, например, на самой простецкой VPS с нормальным процессором и диском?
Наиболее инфраструктурно-верный способ - побороться вот с этим.
DHCP не возможен в данном варианте, так как по причине нахождения в подсети некоторых специфичных железок, у которых статика меняется автоматом на DHCP адрес, как только железяка видит в сети DHCP.
Запроксируйте на "двух других" урлы к статике через фоновый с кэшем - тогда они скачают файл с него всего по одному разу, положат его в кэш и затем будут отдавать из него.
Разумеется, при изменении файлов нужно менять на странице урл к нему, например, с помощью аргумента с версией.
