nginx-extras из дебиана? Если нет - пересобирать с соответствующим модулем, ничего в этом страшного нет, главное checkinstall юзайте.
nginx -V и nginx -T в студию. Скорее всего, вы просто "не туда пишете" (с), то есть после переустановки поменялся путь к основному конфигу.