здесь на тостере уже был такой вопрос. я не помню как точно ответить, но суть в том, что windows сохраняет файл как-то по дргому, по этому вы не можете запустить файл в linux
да ну нет тут понятия "более правильнее". Системе все равно откуда читать файлы. Как обычно, систему хранят на одном диске, мультимедиа на другом. Так быстрее всего работает ОСь. Плюс работающая система не влияет на запись файлов на второй диск.