Посмотрите конфигурацию сервиса mongod. Она должна быть в файле
/lib/systemd/system/mongod.service.
После названия раздела
[Service] должны идти эти строки:
User=mongodb
Group=mongodb
Это влияет на то, кому будет принадлежать файл
/tmp/mongodb-27017.sock. Так же, запускать/перезапускать сервис лучше только командой
sudo systemctl start mongod.service
Ещё, судя по тому, что у вас в команде
systemctl написано
mongod, а не
mongod.service, вы, возможно используете собственную конфигурацию для запуска, и тогда нужно редактировать другой файл — вы должны быть в курсе, какой именно, потому что наверняка сами его писали. В оригинальном файле с конфигурацией сервиса, который по-умолчанию создаётся после установки MongoDB, целевой пользователь/группа прописываются правильно и проблем не создают.