В массив меню добавьте параметр в PARAMS, к примеру так:
<?php
$aMenuLinks = Array(
Array(
"Пункт меню",
"/link/",
Array(),
Array(
'noindex' => true,
),
""
),
);
В шаблоне компонента остается проверить, если $arItem['PARAMS']['noindex'] === true, то оборачиваем ссылку в .