С использованием Resources.Load нет никаких проблем. Разве что нужно поместить используемые ресурсы в папку Resources насколько я помню.
Загружайте всё, что вам нужно, до загрузки сцены и используйте полученные ресурсы как душе угодно.
Псевдокодvoid Awake(){
var MyObj = Resources.Load("Prefabs/MyPrefab.prefab");
Instantiate(myObj, Vector3.zero);
}
P.S.
Код может быть не точным, с Unity давно не работаю
