В этом случае можно вообще сравнение в коде не делать, а писать код так, как будто запись нужна всегда. Сравнением займётся сам движок MySql, и если запись в базе есть, новую добавлять не станет.
А стопать можно через taskkill: TASKKILL /IM tomcat.exe
Собственно, по имени процесса можно стопать и без предварительной проверки - если процесс не был запущен, то он и не убьётся.
Ну а уж запустить заново - вообще дело техники.
https://askubuntu.com/questions/145902/unable-to-m...