Александр Карабанов

Подключаясь к серверу используй флаг -A или если есть конфиг ~/.ssh./conf (рекомендую сделать - упрощает жизнь), то добавь в него ForwardAgent yes, тогда сможешь и с сервера клонировать, так как будто, клонируешь на свою машину.

PS
Памятка пользователям ssh
Магия SSH

А что плохого? Возьми и сделай.

Сгенерируй пару SSH ключей. Открытый ключ добавь на GitHub и забудь про пароли.

не знаю как правильно задать вопрос, что бы гугл мне помог

Вот так: "git unstage file"

Сделай отдельную ветку и в ней разрабатывай.

-a
--all
Tell the command to automatically stage files that have been modified and deleted, but new files you have not told Git about are not affected.

В коммит автоматически добавятся изменённые файлы - не надо предварительно выполнять git add <file>

Кодировка самих файлов, вероятно, CP1251, а ты правишь файлы используя UTF-8 отсюда и проблемы.
Настрой в текстовом редакторе кодировку CP1251.

Сгенерируй SSH ключ на домашнем компьютере ssh -t ed25519
Добавь публичную часть ключа в свой аккаунт на GitHub
После этого сможешь клонировать.

К каждого устройства должен быть свой ключ. Приватный ключ не должен покидать устройство на котором он был сгенерирован.

Увеличь proxy_send_timeout, proxy_read_timeout, и send_timeout у штатного Nginx, который в ходит в штатную поставку GitLab.
Если перед штатным Nginx, который использует GitLab, есть ещё один Nginx или иной реверс-прокси, то на нём тоже надо увеличить таймауты.

Можно в paget (а может в Windows уже появился нативный ssh-agent не знаю) добавить, тогда ключи будут доступны любому софту. И пароль от ключа каждый раз вводить не надо будет.

Бинарные файлы не надо хранить в git в виду того, что это крайне не эффективно.
Для синхронизации бинарных файлов git не подходит.

Клонируй проект из удалённого репозитория к себе.
В эту же директорию скачай проект с сервера с заменой файлов.
Введи git status, чтобы посмотреть, что изменилось и прими решение, что делать дальше.

Разумеется git clone это то, что нужно.