Тут нужно ответить на вопросы: сколько страничек будет на сайте? Будут ли эти страницы добавляться и как часто/много? Сайт будешь вести ты или не знакомый с html и css человек?

Если страниц не много, контент почти не обновляется, а сайтом занимаешься лично ты, то конечно проще статичные странички.

Если страниц много, контент динамический и добавляется каждый день через удобную админку, тот тут без вариантов нужна CMS.

Возможно причина в том, что браузер читает сверху вниз и на момент, когда он доходит до скриптов, он уже знает о существовании вышенаписанных тегов. Если же скрипт выше тегов, то скрипт начинает выполнение сразу, не дожидаясь, когда распарсится остальная часть страницы.

Например, если JS подключить в head и написать какой-нибудь jQuery селектор, то он не найдет его и возможно возникнет ошибка. В этих случаях нужно проверять, загрузился ли документ полностью или нет, например:
$(document).ready(function() { /* наш код */ }

Pixel Perfet нужен только в том случае, если дизайнер об этом просит. Если каждый пиксель на счету и должен иметь свое место, то, пожалуй да, этим можно заморочиться. Но во всем должен быть разумный предел. Как отметили выше, есть разные браузеры, разные системы, разные методы рендера. Пытаться бороться с этим не вижу смысла, это впустую потраченное время. Это должен понимать и сам дизайнер, когда выдвигает такие требование к макетам.

Если же дизайнер рисует все «на глаз», то, естественно ни о каком PP речи быть не может. Бывали верстальщики, которые делали PP с кривых макетов, например, у одного элемента 27px отступ, у другого 24. И так с каждым элементом. Возьмите и выравнивайте до 25, зачем дублировать ошибки дизайнера? Думайте своей головой, а не «так было в макете».