solascriptura: да. если дисковая система медленно работает, то доп. память и процессор не помогут. Если диски слабые или кластер перегружен по IOPS, будут задержки. Еще сравните трассировку и проверьте загрузку сайта с другого места. Если физически сервера в разных локациях, время доступа может отличаться.
Я не сталкивался, но начал бы с проверки access.log и error.log, далее пробовал бы выполнять php напрямую без веб-сервера для разных файлов. Так же проверил бы, правильно ли определяются имена файлов, если они, например, содержат пробелы.
galsik: Вообще то все программы и ОС грузятся с ssd. А под хлам ввиде кэша во-первых нужно сколько то места выделять, которое ограничено. Во-вторых в 2010 технологии SSD еще были не особо развиты и диск расчитан на 3000 тыс циклов перезаписи. В-третьих для браузера 7.2к rpm вполне достаточно, т.к скорость сетевого соединения в домашних условиях редко превышает 100 мбит/сек.
Константин Цветков: у меня наверное руки не из того места растут, но места на диске С: после её использования особо не прибавилось, а вот файлы обновлений размером с пару десятков Гб так и лежат в C:\Windows.