javax

Может быть проект у Вас основан на maven, вы не заносите зависимость в pom.xml и поэтому зависимости IDEA автодетектятся каждый раз из maven?

Другой вариант — iml у Вас read only (из за соурс контроля)

Работаю в фирме, код не принадлежит мне, но не парюсь — голова с идеями остаётся со мной. А это и есть главное.

Код должен быть понятен без комментариев.
Писать комментарии надо только там, где без этого нельзя (неочевидные решения, сложные алгоритмы)

Maven