Первая причина но не основная это не шибко оптимизированные драйверы видеокарты.
Вторая (кстати чаще всего у многих из-за этого проблемы с падением производительности) это compiz.
Третья причина это то что разработчикам, как правило, нет смысла вдаваться в оптимизации движка под linux и зачастую идут самыми простыми путями используя кучи враперров на все что можно. Пример такого врапера от
valve
Все это в совокупности и дает такие просадки фпс. По поводу 3ей причины, это сейчас самая частая проблема, но лучше уж так чем совсем ничего или wine.
Попробуй ради прибавки фпс убить компиз и всю остальную графику перед запуском игры, прирост будет довольно значительный.