Не надеюсь что среднестатистический участник тостера подскажет вам что-то, кроме мейнстрима, о котором вы наверняка знаете, но все же попытаюсь
Archivarius 3000: полнотекстовый локальный поиск по свалка книг
OneNote: упорядочивание в иерархию всего и вся, удобнейший поиск, теги (например "todo", "вопрос", "важно" - всё настраивается), формулы, синхронизация с мобильным. Использую для ведения базы знаний несколько лет, evernote не конкурент. Не подходит для свалки материалов, но идеален для конспектов и организации рабочей информации.
Anki: колоды карт вопрос -ответ вместе с умным алгоритмом запоминания методом периодического повторения