Ипатьев

Во-первых, зачем тут первый запрос?
Во-вторых, кроме количества совпадений надо наверное запрашивать и сам id? Ну по логике? если мы хотим вывести id, то надо наверное это поле указать в SELECT?
В-третьих, надо добавить группировку, GROUP BY
В-четвёртых, если надо вывести любые значения из первой, а не только те, у которых есть записи во второй, то нужен LEFT JOIN

• Инкапсуляция - это самое простое. В объекте лежат данные и методы для работы с ними (причём данными могут быть и другие объекты. см. Композиция). Самое главное в инкапсуляции - не переборщить. Инкапсулировать только то, что относится одной конкретной задаче. Всё остальное делегировать другим объектам (см. Композиция).
  
• Наследование - это тоже самое простое и самое опасное. Захотел добавить новый функционал к уже существующему классу - унаследовался, дописал методик - и в путь! А потом исходный класс поменяли, и он стал ломать поведение унаследованного. Лучше всего взять себе за правило наследоваться только от абстрактных классов. А поведение менять с помощью свойств-объектов других классов (см. Композиция).
  
• Полиморфизм. Один метод - поведение разное. Проще всего достигается за счёт использования свойств-объектов других классов (см. Композиция).
  
• Композиция - это самое интересное. Объект действует не сам по себе, а с помощью свойств-объектов, которые передаются в конструктор при создании объекта. Например, у нас есть класс Модели, который должен уметь делать КРУД. А точнее сам по себе он содержит только данные, а в качестве зависимости в него передаётся объект для работы с БД, имеющий собственно эти самые методы create(), read(), update() и delete(). И вот этот объект может быть как инстансом класса, работающего, например, с Mysql, а может быть - работающего с Редисом. И теперь, в зависимости от наших потребностей, одна и та же модель может сохраняться как в Редис, так и в РСУБД. Без изменения и единственной строчки кода!
  

В общем случае (а особенно - начинающим) ничего сохранять в таблице USERS не нужно.
А "чтобы передать апишки и так далее" надо просто запросить эти бонусы из таблицы бонусов, просуммировать, и передать куда надо.

Как правильно заметили выше, неопределенный по размеру массив данных в БД - это таблица.

Для сферического обновления в вакууме не нужно вообще ничего.
БД спокойно по умолчанию пишет десятки тысяч строк в секунду.
То есть просто записывать и всё.

При возникновении конкретных проблем надо собраться с мыслями и задать конкретный вопрос, детально описывая проблему. А не вот это вот "ну у нас там много всего и растёт нагрузка".

В качестве чисто гадательной рекомендации поиграться с innodb_flush_log_at_trx_commit / транзакции.

скорее так

foreach ($this->tests as $key => $value) {
   $this->tests[$key] = Test::clearLines($test);
}

так же, как и на любой другой

Обычно итераторы в РНР не нужны - всё делается простейшими средствами типа foreach.
Я так понимаю, что в данном случае нужен обычный оператор присвоения
$this->test[] = ...

https://qna.habr.com/q/666172

В целом правильно, но если уж затеваться с хранением адресов, то тогда в заказе должна быть ссылка на id адреса. иначе просто нет смысла. В целом для такой примитивной схемы отдельное хранение адресов выглядит неадекватным, я бы просто писал адрес в заказ.
То же самое про телефоны. Просто писать в таблицу юзеров.
Не хватает емейла. Смс на каждый чих рассылать дорого.

В таблице заказов очень сильно не хватает поля status. Ну и связанной таблицы с историей статусов.
Отдельно хранить дату и время - это глупость. Есть тип datetime
discount - это ОЧЕНЬ отдельная тема. Но по крайней мере скидка должна размазываться по товарам. Если клиент при выкупе откажется от одного, то как пересчитывать цену?
В целом стоит в заказе дублировать основную инфу по товарам. Потому что её надо показывать в истории заказов, а товара может уже не быть в базе. В том числе цену до скидки и со скидкой.

Непонятно, что за таблица store.

создаём пустой временный файл
читаем большой csv файл построчно:
    проверяем нужное условие: 
        если оно выполняется, то пишем строку в новый файл
закрываем временный файл
переименовываем временный файл в исходный

php принять json post запрос

Если без изысков

with open(filename) as file:
    csv = file.read().splitlines()
sorted(csv)
for line in csv:
    item = line.split(',')
    if  line[0] > '2010-06-08' 
        print(line)

Нет, ничего указывать не надо.
Тут и без интерфейсов получатся отличные самолёты из соломы и палок.