Нет, не "полетят".
Процесс установки xen логически похож на установку, например, VirtualBox на ваш десктоп.
Ну только там ядро другое поставить ещё нужно будет.
ну то есть вы ставите программулину, которая умеет запускать виртуальные машины. Виртуальные машины нужны для того, чтобы делать что-то в них, не вредя основной системе. Как то так)
Только не забудьте про то, что виртуалке нужен отдельный IP адрес (можно из приватного диапазона, например 10.0.0.0/8 (NAT), но тогда придется заботиться о том, чтобы трафик попадал из интернета в виртуалку - например пробросом портов в iptables/rinetd).