impass

Для начала читаем про планировщики ввода/вывода и процессов.

Знакомимся с планировщиками Linux
Планировщики ввода/вывода и процессов в Linux
Linux I/O Scheduler. Выбираем оптимальный

Если говорить конкретно про VirtualBox, то на сайте доступны официальные пакеты:
https://www.virtualbox.org/wiki/Linux_Downloads

Если написано что ПО под версию 12.04 LST работает, гарантирует ли это что оно совместимо с версией 12.04.4 LST?

Дело не в версии самого дистрибутива, что бы где ни писали по этому поводу, а в используемых зависимостях (зачастую - только в версиях библиотек). Почему бы просто не взять и не попробовать установить/запустить?

php шный curl при запросе на https с правильными сертификатами (который выдал тот самый сервис на который запрос идет) ругается 35 ошибкой, т.е. CURLE_SSL_CONNECT_ERROR

Проверьте тот же самый запрос через консольную версию curl с опцией --verbose, будет понятнее.

Судя по всему, в электронном виде оригинал так и не переиздан до сих пор, а сканить и OCR'ить бумагу на Западе как-то не любят.
В интернетах только гуляет спираченная аудиокнига.

XnView MP если хочется под GUI

Синхронизировать через rsync, впринципе, даже достаточно. Особенно удобно, если хотите поменять конфигурацию разделов или файловую систему.
Если есть возможность загрузиться в другую ОС (netboot, LiveCD и т.п.), то любой вариант с переносом образа диска целиком.

Если файлов сессий создаётся слишком много, может пора как-то оптимизировать ваше приложение, и не создавать сессию для каждого приходящего пользователя независимо от того, нужна она или нет?

из-за чего может расти очередь писем и почему эти письма попадают в очередь, а не отправляются?

Просмотреть несколько писем (-Mvc) из очереди (-bp) и логи их доставки (-Mvl) не пробовали?

Юниксовый grep, думаю, вам поможет:
-f FILE, --file=FILE
Obtain patterns from FILE, one per line. The empty file contains zero patterns, and therefore matches nothing. (-f is specified by POSIX.)

-v, --invert-match
Invert the sense of matching, to select non-matching lines. (-v is specified by POSIX.)

Есть и Windows порт: gnuwin32.sourceforge.net/packages/grep.htm

А смысл?
Microsoft Office Compatibility Pack for Word, Excel, and PowerPoint

Для конечных же пользователей (без необходимости редактирования) doc(x) вообще вреден, есть PDF и ePub.

напишите шелл скрипт с curl и sendmail в бесконечном цикле

у консольного curl есть опция
-w/--write-out <format>
Defines what to display on stdout after a completed and successful operation. The format is a string that may contain plain text mixed with any number of variables. The string can be specified as "string", to get read from a particular file you specify it "@filename" and to tell curl to read the format from stdin you write "@-".
подходящая для получения кода HTTP ответа

а что сложного в ребуте после обновления ядра? %)
не хотите сразу переключаться на новое — не перезагружайтесь