Боже мой, да кто ж сканы то сохраняет в PDF! Я понимаю, что всякие коробочные монструозные пакеты к сканерам предлагают и его, но эффективность и удобство такого способа крайне невелика.
Вообще главный принцип: никаких специальных программ «для сканирования» по большому счёту не существует. Берёте любой понравившийся просмотрщик/конвертер или редактор изображений и ищите там функцию получения изображений со сканера (в англоязычных это называется «Acquire» или какой-нибудь «Import», в русскоязычных обычно просто «Сканирование», зачастую находится в меню «Файл») через стандартный TWAIN или WIA интерфейс. Диалог непосредственно управления процессом сканированием будет единым для вашей модели сканера во всех приложениях. TWAIN драйверы вместе с небольшим графическим интерфейсом разрабатывают производителями сканеров, а WIA предоставляет унифицированный интерфейс (хотя зачастую и менее функциональный, чем более долгоживущий TWAIN), реализованный непосредственно в Windows.
Для сохранения сканированных страниц используйте формат PNG как наиболее распространённый и эффективный.
Из бесплатных приложений порекомендую впервую очередь просмотрщик-конвертер-каталогизатор
XnView. На радость сканирующим есть функции пакетного сохранения и обработки. Если когда-нибудь видели ACDSee, то этот умеет по сути даже больше, разве что функции редактирования изображений в нём только самые простейшие.
Среди бесплатных редакторов можно выделить
Paint.NET и
Artweaver.