Бутстрап или любая другая готовая коллекция ui-элементов -- это способ быстро получить интерфейс с минимальными затратами. Его следует воспринимать либо как инструмент для прототипирования, либо как инструмент для back-end разработчиков, которые делают сервис, где не сильно важен дизайн на этапе разработки.
Использовать бутстрап целиком как есть в случае, когда дизайн проекта сильно отличается от самого бутстрапа, спорное, наверное, решение. Но в то же время ничто не мешает выдергивать из бутстрапа какие-то отдельные его модули. Я раньше часто верстал на базе бутстрапа, но импортируя только необходимые мне модули (сетку, кнопки, js-функционал).
Если коротко, одевайтесь по погоде.