для того, чтобы можно было использовать бутстрап - макет должен быть нарисован под бутстрап. если макет нарисован без его сетки - толку от того что ты будешь использовать бутстрап - нет. тогда тебе в любом случае придется делать свою сетку.
а потом встает вопрос - а нафига мне бутстрап, если я даже сетку уже свою сделал.
а если еще и никакие навбары, дропдауны и модалки бутстраповские не юзаешь - то точно бутстрап становится просто лишней кучей файлов, которые зачем то подключаются и не юзаются.
правильно - разделить, НО потом используя препроцессор соединить их все в один файл с помощью import и минифицировать. и в html подключить 1 файл.
тобишь для редактирования все разделено по разным файлам для удобства, а на выходе только один файл.
если ты про обращение в css, то это обращение к дата атрибутам.
к примеру у тебя есть div: <div data-count="1"></div>
то к нему можно обратиться в css: