Ну во-первых, хаб и свич - это кардинально разные устройства. Если ваша сеть строится именно на хабах, мне вас жаль, её не спасти.
Но что-то мне подсказывает...
Anyway...
В первую очередь, большинство проблем в вашей сети связанно с оборудованием. Коммутаторы у вас не управляемые, без поддержки STP протоколов и без loop detection, т.е. в сети будет тварится вакханалия, а оборудование молча будет эту вакханалию и штормы пересылать на свои порты.
Выбирайте управляемое оборудование L2 \ L2+ уровня.
Вторая проблема с мелкими коммутаторами, которые стоят у пользователей. От них нужно избавляться в первую очередь, максимально доводя все линки от конечного оборудования до управляемых свичей. Мелкий свич ставится только совсем в крайнем случае, и, желательно, так же управляемые (бывают и с небольшим кол-вом портов, но достойные).
Ну и дальше, не очень понятно кто у вас маршрутизатор, как происходит раздача адресов, кто DNS и многое другое.