Если вы используете сетку только то вырежете из бутстрапа остальное что бы обрезать его. Например тут можете создать собственную сборку
bootstrap-3.ru/customize.php
Конечно используют те у кого с вёрсткой не особо хорошо, но прототип или рабочий проект надо собрать, к тому же сразу понятно, вот базовый стиль, вот стиль с кастомизацией, просто работать, просто поддерживать...
Сам я чаще всего кнопки оттуда использую, навигацию, таблицы иногда