Хорошим решением будет отказаться от вотчеров IDE. Они не допилены до необходимой кондиции удобства. Сам бустрап собирается грантом, и вы им собирайте.
Правильно было бы кстати bootstrap.less скопипастить, поправить пути и подменять то что вы хотите так:
@import "bootstrap/variables";
@import "my_vars";
@import "bootstrap/*"; // тут все части бутстрапа вам нужные
@import "my_changes";
Ну и если вам таки не нравится грант, а хочется юзать IDE, откройте
настройки -> watchers -> LESS
И внизу поправьте Output paths