Николай Конюхов

Неправильно сначала присваивать переменной оффсет массива, а потом его проверять - undefined index, в случае отсутствия.

isset($_POST['username']) && !empty($_POST['username'])

If you're trying to run a command such as "gunzip -t" in shell_exec and getting an empty result, you might need to add 2>&1 to the end of the command

Замечание:
Эта функция может вернуть NULL в двух случаях: если произошла ошибка или если выполняемая комманда ничего не выводит. Не пользуйтесь этой функцией, для определения, успешно ли выполнилась комманда. Вместо этого используйте exec(), так как она предоставляет возможность проверить код возврата.

PHP делает копию переменной внутри цикла (и некоторых других ситуациях) $post. Чтобы этого избежать - используйте ссылку на объект &
foreach ($posts as &$post) {

Семафоры, например

SELECT ... FOR UPDATE

Возможно вместо использования parent_id вам больше подойдет nested sets, статья на хабре

1) используйте file_exists($filepath)
2) у метода должна быть единственная ответственность - если это save() - то он только сохраняет. Создайте отдельный метод с логичным названием для удаления файлов

SELECT FOR UPDATE

Не использовать preg_replace

Так же, как и не в Yii2.

В контроллере сделайте экшн

public function actionRenderForm(...) {
        ....
        $this->renderPartial('form',  array(...), false, true);
}

, в основной вью (которую рендерит actionView или actionEdit, не знаю, как у вас) добавьте jquery код по загрузке формы, что-то вроде

(function($) { 
         $.get(".$this->createUrl('renderForm').", {...}, function(data) {
                 $('#formHolder').append(data);
         }); 
 })(jQuery)

В любой непонятной ситуации используйте XDebug

Yii application lifecycle

С помощью curl и preg_match. Сделайте сами