Выбирайте по числу вакансий в городе. Ибо очевидно, если в МСК таких вакансий 100, а в СПБ 4-5, то ехать лучше в Москву. Ибо там где вакансии, там стажировки, там ребята из группы со связями, которых возьмут по блату (и при хороших отношениях можно попробовать ехать паровозиком), и преподы со знакомствами и так далее.
Ибо откровенно говоря, если это просто "программирование", то дешевле и проще отучиться в каком-то региональном вузе, ибо будет дешевле и спокойней. А вот такие специальности лучше учить на месте спроса.