Потому что у вас новым элементам .remove_theme не назначено событие click.
Т.е. ваш код по созданию события должен находиться в событии click кнопки add:
$('#add_theme').click(function() {
$('<div class="ft_inputs">\n' +
'<input type="text" placeholder="Name theme"/>\n' +
'<textarea rows="5" placeholder="Desription theme"></textarea><div class="remove_theme">Delete</div></div>') .
fadeIn('slow').appendTo('.test');
$('.remove_theme').click(function() {
$('.ft_inputs').remove();
});
});
Ну и кстати, кнопка Delete удалит все созданные объекты. Я так понимаю, задумывалось так, чтобы каждая кнопка Delete удаляла только свой родительский элемент? Если да, то копайте в сторону метода parent().