Для начала составляем список программ которыми пользуетесь. После составления этого списка, проходите по каждой программе и берете от туда конфиги. Со сохранением личных файлов справитесь.
После сохранения конфигов, ставим новую ОС, ставим программы из списка составленного ранее, и после кидаем конфиги на новые программы. Вот у вас новая ОС, с вашими программами и вашими конфигами