Нет, файл-PHP защищать не нужно, если веб-сервер передает его на обработку PHP-интерпретатору. То есть, если сценарии вообще работают, а не выдается содержимое PHP-файла при запросе по адресу ваш-сайт/action_page.php. Большинство PHP-движков спокойно хранят настройки в PHP-скриптах.

Однако, если данные очень критичны и есть боязнь сбоя сервера (например, администратор допустит случайную и временную ошибку, открыв доступ к содержимому скриптов, исключив интерпретацию), можете вынести все приватные данные за пределы action_page.php, например, в action_page_handler.php , в свою очередь находящийся за пределами публичной директории, и подключаемый, скажем, как require __DIR__ . '../../scripts/action_page_handler.php'; (и это будет единственная строчка в action_page.php, которую кто-либо когда-либо сможет увидеть).

В свои годы Вы всё правильно делаете — это большой интерес к технологиям, понятно, что опереться пока не на что, но этот интерес не стоит отпускать и нужно развивать. В первую очередь, самое главное, найдите мотивацию, делайте что-то полезное или увлекательное для себя, ставьте задачи и решайте. Например, напишите простенькую игру или программу, воплотите какую-то идею в жизнь. Смело делайте это на разных языках и технологиях, засесть в какой-то отрасли и специализации всегда и еще успеете. Не ставьте сложных и емких — долгосрочных задач, пока только простые, на небольшой срок и с азартом. Во вторую очередь, адаптируйте круг общения, посещайте тематические ресурсы, группы, социальные сети, читайте тот же habr.com и другие IT-ресурсы, продолжайте повышать кругозор (а Вы уже это делаете). И не сдавайтесь, даже если временами будут опускаться руки и будете терять эту самую мотивацию. С этим уже имеющимся интересом Вас ждет будущее в IT.

Без разницы. Важно не узнать конкретный дистрибутив, а освоить *unix в целом. Вы можете делать это даже на подсистеме Linux в Вашей Windows, в какой-то степени (хотя лучше, все же, Ubuntu). Важно понять командную строку, ходовые утилиты и man, систему разделения прав, подходы к монтированию и разделам дисков, устройство файловой системы, основные настройки, пакетные менеджеры deb / rpm (если он еще жив), /etc, system.d и наверное что-то еще, увы, такой список минимума надо отдельно составлять. А дальше упрется в конкретику: настройки отдельного ПО, как то ssh или iptables.

В качестве лирического дополнения. По моему опыту первым дистрибутивом "Linux" был FreeBSD, я тогда не понимал разницы, во времена, когда еще не было широкополосного Интернета, брал диск на радио-рынке. Случайно снес все содержимое своего Win-диска, выбрав установку по-умолчанию и сильно расстроился, не сумев завести графическую оболочку. Я даже не уверен, что она была в том CD-дистрибутиве. Но несколько дней веселья оно подарило. Затем был Gentoo Linux, который качали знакомые на 4 DVD, и неделя, убитая на сборку-пересборку. Потом Suse Linux, 9 или 10, вроде бы. Все это отняло уйму времени в сумме, но так, не прочитав ни одной специализированной книги, начал понимать. Хотя, были отдельные статьи, вроде того, как пересобрать ядро (я где-то читал тогда, что с этим система еще быстрее, хотя оно и не нужно было).

Еще один момент, в Linux сейчас ничего сложного нет. Такая же ОС, автоматизированный процесс установки и основной слой покрыт графическими конфигураторами.

Еще важный момент, не учитесь по роликам. Берите хардкорную литературу, читайте статьи, да и сам Linux тоже неплохо задокументирован.

Если речь про RESTful, нет, указывать status=false/true необязательно. Вы можете возвращать сразу же тело результата. Статуса требует JSON API, но оно ориентировано как раз на передачу всей информации в теле результата, то есть, не использует статусы HTTP (или используются гибридные способы).