gro

Судя по всему вас по каким-то причинам не устраивает mysql и по каким-то причинам хочется самим париться с файлами.
Обрисуйтя для начала эти причины.

Читаю мануалы, говорится, что инклуды работают только нелокально.

Что за мануалы такие?

Проверку на что?

ORM и нативный SQL это совершенно разные подходы и каждый решает для себя и для каждого конкретного проекта, что использовать.
Если вы вдабавок к SQL разберётесь с ORM, вам будет только плюс к опыту. Вот только советы использовать доктрину идут далеко не везде.