В разработке под пхп онли проблем не будет.
Под пхп дата волюмы надо только для бд использовать, потому что если под виндой примонтировать бд в папку, то например постгре даже не стартанет, либо если специфичные права нужны.
В шторме есть поддержка докера, но там все очень неудобное и странное, лучше портейнер использовать, там все просто, удобно и наглядно. Гит команды на хосте, остальное в контейнере запускать.
С правами проблемы, если примонтирована папка и нужные особые права, поскольку их изменить не выйдет. С переносами да, в исходниках это неакутально, а вот башевские скрипты и разные env проблем могут доставить, но это легко решается если залезть в настройки ide.
В виндовс есть более серьезные проблемы, например нет поддержки fs.notify, то есть хот релоад в гоу/js/любой другой язык, работать не будут. Докер требует включенные hyper-v, эмулятор андроид студии требует его выключить(а для этого нужна перезагрузка), то есть под виндой адекватно развернуть бэк в докере и смотреть результат в симуляторе не выйдет, есть правда решение в лице отстойного симулятора от микрософта. Геморрой с ресурсами, если есть какой-то хорошо жрущий контейнер, хрен настроишь его работу. Разные специфичные имеджи с докер хаба тоже работать не будут либо будут выдавать странные ошибки.
Касательно отказа от винды, я последний раз винду запускал года полтора тому назад. Популярные игры прекрасно работают и под линукс, если игра есть под мак, она с вероятностью 90% будет и под линукс. Если так сильно винда нужна, то есть вайн либо можно виртуалку поднять.