Вопрос в заголовке про использование, а внутри про объединение…)
Без кода сказать сложно что куда лучше перенести. Расширять один бандл тоже можно по-разному, где-то просто скопировать класс из одного и перенести в другой, затем подменить в DI контейнере, где-то влезть через события, а где-то решить вопрос наследованием.
Если речь идёт о бандле, то по всем правилам это, вероятно, какая-то публичная библиотека. Так как в своём приложении не имеет смысла делать бандлы. Поэтому, как мне кажется, стоит сделать форк данной библиотеки, перенести все нужные зависимости из А в Б, подключить библиотеку из этого форка.
Кроме того, я бы попробовал сделать pull request с вашими дополнениями, возможно их включат в основной бандл.
Переносить из Б в А не вижу смысла, так как кода явно будет больше, раз Б работает самостоятельно, а А от него зависит.
Также не вижу ничего плохого в том, что один бандл будет зависеть от другого. Вполне бандл А может жить и без объединения с бандлом Б. Главное следите за обновлением зависимостей.