Александр Эрик второй вариант не дает Вашему сайту четкой региональной привязки и список городов, в блоке на всех страницах, не будет хорошим решением в плане SEO.
Если хотите заниматься продвижением сайта в нескольких, заранее определенных, регионах, используйте первый вариант, либо вынесите региональные отделения на поддомены (moscow.site.ru). Посмотрите как с региональным продвижением поступили на
https://www.avito.ru ;)
Если выбрать первый вариант, то нужно писать статьи на каждый город по одному и тому же товару, во втором случае этого делать не нужно
Третий вариант, каталог может быть общим, а на странице с товарами можно перечислить города в которых товар есть в наличии. Это тоже не будет четкой региональной привязкой, но для посетителей эта информация может быть полезна. Хотя вариант аналогичный avito будет гораздо интереснее. :)
Почитайте в справке яндекса про
региональность,
регион сайта и
поиск с учётом региона.
P.S.
Используйте микроразметку! Для интернет-магазина сейчас это большой плюс.
