Это называется "Архитектура приложения".
Один из примеров - части приложения выносятся в разные репозитарии, затем они включаются в общий при помощи git subtree. Тогда у вас отпадает необходимость синхронизировать эти части руками - это все делает git
Далее, у проекта qt есть подмодули, так вот ваши exe - это и есть два подмодуля в большом проекте.
Дерзайте!