${somevar}), потому что так меньше шансов на то, что в какой-то древности без баша скрипт откажет выполняться, и не использует в if'ах [[ и ]]... и я его понимаю, хоть и не поддерживаю.
which python3. если нету - установите, если есть - добавьте в /usr/local/bin/vkbot/bot.py первой строкой #!/usr/bin/env python3 или #!/usr/bin/python3 (which python3, если есть 3 питон, скорее всего именно этот путь укажет) и попробуйте стартануть сервис снова.
chown -R username: ~username