fokit

Чтобы не делать лишних запросов к бд, можно прийти к соглашению в названии разделов (если это возможно в рамках проекта) и паттерна URL для товаров, например:
/shop/section1/section2/section3/product-productName
В таком случае достаточно проверить на соответствие паттерну продукта последний элемент массива, если он не соответствует, то это раздел, если соответствует, то товар. Но не одно из названий разделов, не должно иметь в себе оговорённый паттерн.

уверен, есть более лаконичное решение

Нет, магического способа «сделать хорошо» не существует.

При этом не работают ссылки, по любому адресу открывается главная страница.

Потому что не прописаны правила для ЧПУ

try_files $uri $uri/ /index.php?$args;.

После изменений перезапустить сервис и обновить пермалинки в ВП.

По моим ощущениям в нише малобюджетных и ненагруженных проектов (условно интернет магазины и прочий малый бизнес) PHP сильно опережает ноду.

Node, действительно, конкурирует скорее с PHP, чем с Go. И тогда, когда Нода создавалась, у неё была киллер-фича, которой не было (в удобном и надёжном виде) в PHP - постоянно живущий процесс. Это делало создание websocket-сервера тривиальным делом и в реальных проектах она именно в таком виде и использовалась.
Ну а дальше нарастали уже три других кейса:

• Вам нужно сделать относительно простой сайт, который активно использует websockets - зачем туда тянуть ещё и PHP, когда можно всё сделать на одних технологиях?
  
• Вы уже знаете javascript и по какой-то причине хотите сделать бэкенд самостоятельно.
  
• Вы повелись на маркетинг нового супер инструмента (и вдобавок ещё обмазались NoSQL до кучи).
  

Понятно, что всё, кроме первого сценария - это скорее баловство, чем взвешенный выбор инструмента.