про Visual Studio? если да:
еще один, не совсем очевидным но очень простой способ:
- кинуть новый файл cs в папку проекта
- в панельке обозревателя проекта изучить кнопочки (можно наводить и задерживать мышку, будет всплывать подсказка)
- выбрать "отображать все файлы"
- ваш новый файл кода станет видимым, но серым
- ПКМ на нем, в локальном меню "включить в проект"
- предпочтительно после этого выключить "отображать все файлы" обычно это только мешает
есть еще третий путь (нумерация такова, по тому что мой ответ не первый ))
- изучить свой
.csproj
. править можно в любом редакторе, при выгруженной студии. но делать бекапы весьма полезно
ps про dll
- можно подключить сорцы плагина отдельным проектом. иногда это может быть на много правильнее чем валить сорцы в кучу
см скрины под спойлером

в этом месте надо поставить галочку, но просто мне в это паре проектов связь не нужна

должна была получиться стрелка на кнопку "ОК" но чет не влезло.. звиняйте ))