Например мегафон билайн и Ростелеком вставляют свой баннер. По факту этим занимается железка dpi , конечно не только этим. Физически на уровне L7 osi работает парсер который вставляет свои данные. Впрочем dpi работает и на более низких уровнях и может менять пакеты. Как сделано смотрите устройство ipchains и руководств типа transparent proxy