бывает при переносе проекта не просто большая ,огромнейшая миграция, но эт оперенос, потом с каждой задачей своя миграция, может быть так, чт ов задаче код меняется и генерится за время работы 2-36 миграций, ну и пусть, тоже все равно
Если это инициализация, без старый данных, то можно в одну, если это изменения таблиц, то лучше много маленьких, где прописан каждый шаг миграции и отката.
Миграция подразумевает одно изменение одну фичу. Она должна быть отменяемая и содержать все данные.
Поэтому фича должна быть маленькой, а миграция включать все таблицы которые изменились
Symfony тут ни при чем.
Если в рамках конкретной задачи вам нужно несколько таблиц - создавайте в одной миграции. Разделять на файлики ради того что бы разделять - очень так себе идея.
Если вам в рамках деплоя нужно именно несколько разных шагов миграции - стоит разделить.