Если код раскладывается на дерево согласно зависимостям: общий код — в корне, частные — в подкаталогах, то можно так и хранить. Если хочется держать в одном каталоге, то или дерево подкаталогов дублируется там, или всё в одной куче, а вытаскивание из неё организуется через зависимости. Если частный код или плагин употребляется в более одном месте, его переносят к общему корню каталогов. Зависимости можно визуализировать в одном JSON-файле, чтобы скрипт мог доставать без ручной правки кодов во многих местах. Аналогичный вопрос часто свстаёт в среднесложных системах с более 2 десятками файлов. По теме, скорее, лучше гуглить на @require JS", «commonJS», AMD, хотя в них не решается вопрос о путях к файлам — это всё на усмотрение программиста.