TrueCrypt может не только весь диск. Второй режим: создать и зашифровать контейнер. В него копируете файлы, при необходимости, добавляете новые. Контейнер переименовать во что-нибудь непреметное.
Кстати, лучше шифровать весь диск. Будете работать с отдельными файлами из архива или контейнера, наверняка оставите следы.
Ну и не забывайте держать комп разобранным, чтобы успеть выдернуть винч и выкинуть его в окно, когда в дверь позвониться тов. майор.