exeragub

Не похоже на серъезный взлом - при нем обычно злоумышленник не орет о себе во всеуслышание, меняя пароли, а старается остаться незаметным. Похоже на какую-нибудь програмную ошибку, либо школьное хулиганство.

Проверьте, возможно это какой-то программный глюк, если же точно нет, то следуйте советам oldbro.

Система скомпрометирована, доверия ей - ноль. Переустановливать! И пересмотреть политику безопасности. Если машина напрямую подключена к инету, первое, что сделать - это настрйоить iptables, fail2ban.
Однако, всё чуть более, чем странно. Следуйте простейшим правилам сетевой гигиены и будет счастье.

Вообще, странные вещи вы описываете...
Я не знаю кто такой Gambas3 ... но все остальные ваши обновления никак не могут создать таких проблем, и уж особенно VirtualBox.
Раскладку на вводе пароля пробовали переключать? Может язык установленный снесли?
Попробуйте зайти в текстовую консоль Ctrl+Alt+F2 (F3 и т.д.) и там поколдовать...
Попробуйте зайти как root в текстовой консоли:
$ sudo -i
Если вы пишете про "локального пользователя", то зайдите из LAN по сети и поменяйте пароли.

Загрузитесь в Live USB, сделайте chroot в установленную систему и смените пароль нужному пользователю заново. Установка упомянутых приложений не должна менять пароль, может просто раскладка клавиатуры неправильная?

Если установлен плагин, то по ПКМ по файлу/проекту есть менюшка "Team", вот там и коммиты, и пуллы делать можно. Делать это можно из той перспективы в которой пишется код.

Вот список (31 тыща) © Radio?Sure!

deepmix

www.webupd8.org/2015/08/install-libreoffice-50-in-...

А с чего вы взяли что там должен быть dll-hell?

di.fm

В смысле свободные?
Задайте вопрос в более развернутом виде.

P.S.
Во время работы слушаю или iTunes или https://radio.yandex.ru

если я не ошибаюсь в движке Chromium (который использует опера) начиная с недавней версии отрубили старый API плагинов, так что всяки флеши и джавы идут лесом.
news.softodrom.ru/ap/b21789.shtml

Для нового API есть pepperflash - плагин
https://www.altlinux.org/PepperFlash_%D0%B2_Chromium