В маке разделены понятие окон и программ. То есть программа может быть запущена, но окон в ней может не быть. Например вы открыли два документа Word, закрыли оба, окон не осталось, но ворд так и будет запущен. Вам нужно либо через главное меню нажать Word -> выйти, либо ⌘+Q.
Сделано это для того, чтобы вы могли закрыть приложение, при этом сохранить все открытые документы и расположение окон при следующем открытии этой программы. Это поведение отключается в настройках -> общие.
Запомните - закрыть окно/документ - ⌘+W, закрыть приложение не закрывая документов - ⌘+Q.