Ну вообще как то так (если используете Kohana ORM):
<? $categories = ORM::factory('Category')->find_all(); ?>
<ul>
<? foreach ($categories as $cat): ?>
<li><a href="/category/<?= $cat->alias; ?>" title="<?= $cat->name; ?>"><?= $cat->name; ?></a></li>
<? if ($cat->subcategories->count_all() > 0): ?>
<li>
<ul>
<? foreach ($cat->subcategories->find_all() as $subcategory): ?>
<li><?= $subcategory->name; ?></li>
<? endforeach; ?>
</ul>
</li>
<? endif; ?>
<? endforeach; ?>
</ul>
Но по Вашему коду видно, что там массив, а тут телепатов нету поэтому хз что Вы там передаете в шаблон.
