Это похоже или на баг, или на фичу именно SCALE. Пишут, что в Core такого нет.
Поэтому остается только опция через терминал, полностью копируя разметку диска, чтобы у системы голова не поехала.
Но на самом деле проще действительно сохранить конфиг и по новой установить. Даже пароли сохранятся.