MVC как паттерн вообще никак не задает схему url, MVC может быть вообще не для веба.
Конкретные реализации могут использовать ту или иную схему для url, но это выбор авторов этих реализаций и к самому паттерну не имеет отношения.

логи легко читаются:
5.9.89.80 - ip клиента
- - - данные http авторизации
[09/Jan/2019:18:52:40 +0300] - дата и время запроса

"GET http://shaiyaresurgence.com/en/?DT9FBEYS4L71I1P8OS HTTP/1.1"

- сам запрос
499 - код ответа сервера
0 - кол-во переданных от сервера байт
"-" - http referer

"Mozilla/5.0 (BlackBerry; U; BlackBerry 9850; en) AppleWebKit/534.11+ (KHTML, like Gecko) Version/7.0.0.254 Mobile Safari/534.11+"

- user agent

по факту - на 99% это запроса от бота:
* ip адрес 5.9.89.80 - из пула хостера Hetzner
* 499 - бот не дождался ответа сервера и сразу закрыл соединение
* да и запросы некорректные (если стандартный формат лога не меняли) - там не должно быть протокола и хоста, то есть вместо

"GET http://shaiyaresurgence.com/en/?DT9FBEYS4L71I1P8OS HTTP/1.1"

должно быть "GET /en/?DT9FBEYS4L71I1P8OS HTTP/1.1"

- самое простое забанить ip на firewall

по поводу logrotate:
Обычно он запускается всего 1 раз в сутки (скрипт лежит в /etc/cron.daily) и сразу по достижению 5М ничего не произойдет. Более того параметр delaycompress говорить что первая копия (*.log.1) архивироваться не будет, сожмется только вторая.
хотите - можете перенести /etc/cron.daily/logrotate в /etc/cron.hourly и запуск logrotate будет каждый час

Самое простое - принимать деньги от физлиц по безналу (банковским переводом на р/с) - 54-ФЗ касается только оплаты наличными (оплата картами и электронными деньгами приравнена к наличному расчету).