Прочтите 54-ФЗ хотя бы по диагонали - он применяется только при оплате наличными.
Если вы принимаете оплату исключительно по безналу на р/с - онлайн-касса не нужна.
Использование же яндекс-кассы, наоборот приведет к необходимости применения онлайн-кассы т.к. расчеты электронными деньгами и банковскими картами приравнены к наличным.