Влияние html - тегов на вес ключевого слова для страницы:
Title - 100%
H1-H6 - 71%
Keywords - 24%
Ul - 13%
Description - 31%
Strong - 34%
B - 27%
Em - 25 %
P - 24%
- цитата с книги "seo: оптимизация от а до я"
Для Яндекс.Директ могу посоветовать: Direct Commander, Key Collector, Yandex.Wordstat, Microsoft Excel и собственная голова для сбора ключевых слов. Хотя некоторые инструменты подойдут и не только для ЯД (по подбору ключевиков).
Видимо вы работаете торопясь и делаете ошибки. Сбавьте темп, перепроверяйте - следуйте пословице: "Семь раз отмерь, один раз отрежь". Лучше долго и качественно, чем быстро и тяп-ляп.
