Вы не путайте AD и сайты. Вернее так, сайты, конечно же часть AD, но используются тогда, когда подсети у вас разные с филиалами и в каждом есть свой DC который должен реплицироваться с главным DC. Так что в принципе на DC у вас можно организовать OU по филиально, в каждом филиале поместить DC и реплицировать между собой все. Ну если только вы не решите выделять филиалы в поддомены....